Нет способа сделать это в Linux, если не взломать ваше ядро.
Обычно это не нужно. Если вы всегда хотите запустить, например, /foo/bar
под GDB, просто сделайте это:
mv /foo/bar /foo/bar.x
cat > /foo/bar <<EOF
#!/bin/bash
exec gdb --args /foo/bar.x "$@"
EOF
chmod +x /foo/bar
Проблема решена; -)