Преобразование его в PNG на самом деле не так актуально, поскольку ваши исходные данные уже находятся в формате JPEG.
Вам нужно как-то проанализировать, какие пиксели вы хотите сделать прозрачными, а затем изменить их альфа-значение на 0 (прозрачное).