Вы должны полностью задокументировать файл заголовка с наивысшим приоритетом.
Комментарии в определении должны быть сосредоточены на деталях реализации, в то время как комментарии заголовка должны быть сосредоточены на интерфейсе.
Третий источник документации, как вы предложили, также полезен. Следует описать общую концепцию.
Большим плюсом комментирования заголовочных файлов является то, что вы можете автоматически создавать из них документацию, если придерживаетесь простого синтаксиса. Скажи привет doxygen !