Задайте IE с помощью условных комментариев.
<!--[if !IE] >
<script type = "text/javascript" >
var flashvars = {};
flashvars.xmlSource = "/files/theme/piecemakerXML.xml";
flashvars.cssSource = "/files/theme/piecemakerXML.css";
flashvars.imageSource = "/files/theme/";
var attributes = {};
attributes.wmode = "transparent";
swfobject.embedSWF("/files/theme/piecemakerNoShadow.swf", "flashcontent", "980", "460", "10", "/files/theme/expressInstall.swf", flashvars, attributes);
</script>
<![endif]-->
Поскольку вы загружаете flash через SWFObject, он гарантирует, что ваш скрипт не будет работать в IE.
Также попробуйте прослушивание браузера.(Не рекомендуется, но я не вижу здесь другого пути)
var isMSIE = /*@cc_on!@*/false;
if(!isMSIE){
var flashvars = {};
flashvars.xmlSource = "/files/theme/piecemakerXML.xml";
flashvars.cssSource = "/files/theme/piecemakerXML.css";
flashvars.imageSource = "/files/theme/";
var attributes = {};
attributes.wmode = "transparent";
swfobject.embedSWF("/files/theme/piecemakerNoShadow.swf", "flashcontent", "980", "460", "10", "/files/theme/expressInstall.swf", flashvars, attributes);
}
Если это не сработает, попробуйте
var isMSIE = navigator.appName === 'Microsoft Internet Explorer';
Это может помочь вам: http://pipwerks.com/2011/05/18/sniffing-internet-explorer-via-javascript/