В конфигурации запуска вы можете изменить «Использовать путь к классу и зависимости модуля» на отсутствие модуля, но это не решит эту конкретную проблему.
Я думаю, что вам нужен модуль начальной загрузки, который имеет толькокод, необходимый для запуска среды и достижения точки, в которую вовлечены ваши загрузчики классов, и любые зависимости, которые есть в коде, а затем запустить отладку из этого модуля.Я не уверен на 100%, что отладчик поймет, что классы принадлежат исходному коду, о котором он знает, но это будет моя первая попытка.