В качестве альтернативы другим ответам вы можете захотеть:
set(gca, 'Units', 'centimeters', 'Position', [1 1 6 2])
Убедитесь, что вы делаете это после построения изображения, чтобы получить правильные свойства других осей.
По второму вопросу позаботьтесь о количестве цветовых каналов:
new_image = zeros(480,640, size(old_image));
new_image(20:(200+20-1),20:(600+20-1),:) = old_image;