Создайте свой Broadcast Receiver для получения SMS.
Установите Intent Filter с самым высоким приоритетом.
<intent-filter android:priority="100">
<action android:name="android.provider.Telephony.SMS_RECEIVED" />
В вашем классе получателя метод abortBroadcast (), который не будет уведомлять о SMS.
И удалить текущее полученное сообщение.