Предполагая, что у вас есть содержимое в Java-приложении, вы должны убедиться, что вы пишете свой файл с правильной кодировкой.
Чтобы указать конкретную кодировку, вам нужно будет создать OutputStreamWriter:
Writer out = new BufferedWriter(
new OutputStreamWriter(
new FileOutputStream(file), "UTF-16"));