Если основной номер версии изменяется, это означает, что обратная совместимость могла измениться.
Вы можете попробовать последнюю версию и надеяться, что они только что добавили методы и что старый способ работы, но даже если исключение NoSuchMethod не выброшено, нет никакой гарантии (возможно, с новым API вы должны вызывать разные методы получить те же результаты).
Я бы связался с поставщиком библиотеки и спросил, не нарушена ли совместимость. Если они не отвечают или он не работает, и у вас есть исходный код, единственной возможностью будет рефакторинг одной из библиотек (вероятно, 1.0); В.Г. положить все это в новый пакет v1. Тогда вам придется изменить проект, который зависит от него.
Если ничего из вышеперечисленного не сработает, то решением будет контейнер OSGi или настройка проекта A и проекта B в качестве двух разных исполняемых файлов и настройка проекта B в качестве сервера, отвечающего на сообщения проекта A. Грязный