Team Build имеет фазу начальной загрузки перед тем, как вызывается TFSBuild.proj, в которой из системы контроля версий загружаются только TFSBuild.proj и другие файлы в том же каталоге
Поэтому, если вы хотите, чтобы файл ваших целей находился под контролем исходного кода, вам нужно поместить его в то же место, что и TFSBuild.proj
Подробнее в этом ответе
Я никогда не пробовал, но вы можете поместить файл целей в общий сетевой ресурс и импортировать его с помощью общего ресурса unc. Что-то вроде
<Import Project="\\anothermachine\share\something.targets"/>
Но для этого потребуется, чтобы учетная запись сборки и все пользователи, выполняющие сборки для настольных компьютеров, имели доступ к этой общей сетевой папке.