Я считаю, что [1] - это просто вывод консоли R, указывающий, что «[3,4,5]» является первым элементом в этом векторе. Фактический сохраненный результат на самом деле "[3,4,5]". Попробуйте это:
cat(toJSON(x))
Так, например, если вы сохранили результат JSON в новой переменной и передали его чему-то другому, «[1]» не будет двигаться дальше, просто часть, которую вы хотите. Это только для целей отображения в консоли.