Я бы разделил две формы. Использование JavaScript или чего-то подобного может стать проблемой. Проблема с разделением форм заключается в том, что вы должны сделать это таким образом, чтобы не потерять свою исходную форму. Это означает, что если у вас есть другая информация о форме при загрузке файла, у вас может быть кошмар, но если Вы можете поместить загружаемый файл выше или ниже формы, которая передает элементы управления, тогда это легко.
<form id="A">
<button name="submit>
</form>
<form id="B">
<fileupload>
</form>
Я использую этот метод на одном из своих сайтов, и он работает довольно хорошо.