MEF не имеет методов CreateShell и InitializeShell. Я думаю, что это методы, которые использует Призма. Prism - это прикладная среда пользовательского интерфейса, которая использует MEF. Поскольку вы пишете сервис, вы не будете использовать Prism, но вы можете использовать MEF.
Создайте CompositionContainer
, подключенный к созданному вами каталогу, и затем вы сможете извлекать экспорт из контейнера.