Вы можете попробовать отредактировать плагины gedit, которые вы хотите отладить, и поставить
import pdb; pdb.set_trace()
там, и это должно сломаться в отладчике. Вам может потребоваться запустить gedit из командной строки вместо графического интерфейса, чтобы в нем был терминал для запуска pdb.