Запустите приложение java с -Dlog4j.configuration=com/foo/bar/log4j.xml
, чтобы использовать определенный файл конфигурации, переопределяя файл, найденный в вашем jar, или убедитесь, что другой log4j.xml находится в корне пути к классам, до common.jar:
java -cp aDirectoryContainingLog4jXml;common.jar com.foo.bar.Main