Предполагая, что вы в основном хотите активных детей из родительской компании ..
var comp = dbContext.Company.Single(comp=>comp.Id == id);
var children = comp.ChildCompany.Where(cc=>cc.Active == true);
Однако вы можете запросить детей напрямую ..
var children = dbContext.Company
.Where(comp=>comp.ParentId == id && comp.Active == true);