Пока приложение хранится на сервере, оно выполняется на рабочей станции, поэтому все переменные среды берутся с рабочей станции. Скорее всего, вам придется жестко или программно кодировать путь к файлам данных сервера. Это, конечно, потребует общего доступа к папке Public Documents сервера в сети.
Альтернативно, используйте конфигурацию сервера терминалов, чтобы приложение выполнялось на сервере.