Нет ничего встроенного в класс пагинации CI, вам придется делать это самостоятельно.
Каждый раз, когда вы запускаете метод контроллера (загрузите страницу), проверяйте, пустой ли набор результатов (истраница не равна 1 или нулю), если это так - перенаправьте на предыдущую страницу, желательно путем вычисления номера последней страницы и перехода к ней (или вы можете получить много перенаправлений, если пользователь перейдет на страницу 9999).
Это должно работать, но я не проверял его.
$last_page = floor($this->pagination->total_rows / $this->pagination->per_page);
Возможно, вы захотите найти и другой способ обработки нумерации страниц, библиотеку нумерации страниц Codeigniter.отстой.Хотелось бы, чтобы у меня была ссылка, чтобы поделиться чем-то лучшим, но я не делаю, лучше всего Google / написать что-нибудь самостоятельно, что соответствует вашим потребностям.