Я использую следующее для полного удаления Mootools и стандартного поведения из Joomla 2.5.Просто добавьте следующее в index.php вашего шаблона
$headerstuff = $this->getHeadData();
foreach ($headerstuff['scripts'] as $k=>$item) {
if (stristr($k, 'mootools-core.js'))
unset($headerstuff['scripts'][$k]);
if (stristr($k, 'mootools-more.js'))
unset($headerstuff['scripts'][$k]);
if (stristr($k, 'caption.js'))
unset($headerstuff['scripts'][$k]);
if (stristr($k, 'validate.js'))
unset($headerstuff['scripts'][$k]);
}
$this->setHeadData($headerstuff);
if (isset($this->_script['text/javascript'])) {
$this->_script['text/javascript'] = preg_replace('%window\.addEvent\(\'load\',\s*function\(\)\s*{\s*new\s*JCaption\(\'img.caption\'\);\s*}\);\s*%', '', $this->_script['text/javascript']);
if (empty($this->_script['text/javascript']))
unset($this->_script['text/javascript']);
$this->_script['text/javascript'] = preg_replace( '/window\.addEvent[a-zA-Z0-9\(\)\{\}\s*=\.\';:,\[\]\$]+/mi', '', $this->_script['text/javascript']);
if (empty($this->_script['text/javascript']))
unset($this->_script['text/javascript']);
}
$doc = JFactory::getDocument();
$doc->addScript('http://code.jquery.com/jquery-1.7.2.min.js', false);
$doc->addScript('...', false);
...