Вы можете использовать практически любой язык, который вам нравится (лично я предпочитаю использовать Perl так, как мне нравится, и знать его XML-библиотеки).
Программа просто должна прочитать файл XML, проанализировать его, удалить узлы, которые больше не применяются, затем сериализовать его обратно в XML и перезаписать файл.
Тогда вам просто нужно запустить программу по расписанию. Cron - это стандартный способ сделать это в UNIX-подобных системах. Windows Task Schedular для Windows (насколько я знаю).
Я бы, вероятно, использовал бы базу данных для хранения данных и генерировал бы XML из этого, вместо того чтобы иметь один файл, который перезаписывается, хотя.