Добавьте точку к вашему набору разрешенных данных.
Попробуйте это ...
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-l
RewriteRule ^([a-zA-Z0-9\._-]+)$ /user/public/index.php?username=$1 [L]
</IfModule>
Я не знаю структуру URL вашей страницы, но лучший способпереписать было бы ...
RewriteRule ^user/public/([a-zA-Z0-9\._-]+)$ /user/public/index.php?username=$1 [L]