Попробуйте с несколько вариант
$collection->update(
array('_id' => 'mongoIDhere'),
array('$set' => array("parent" => 'data')),
array("upsert" => true, "multiple" => true)
);
опция «несколько»
Все документы, соответствующие критериям $, будут обновлены. MongoCollection :: update () имеет совершенно противоположное поведение MongoCollection :: remove (): он обновляет один документ по умолчанию, а не все соответствующие документы. Рекомендуется всегда указывать, хотите ли вы обновить несколько документов или один документ, поскольку база данных может изменить свое поведение по умолчанию в какой-то момент в будущем.
Mongocollection в PHP Doc's