Для этого я обычно использую что-то подобное:
$filename = $_FILES['field_name']['name']; // Get the name of the file (including file extension).
$ext = strtolower(substr($filename, strpos($filename,'.'), strlen($filename)-1)); //get the extention in lower case
А затем проверьте, принято ли расширение файла.
Также имейте в виду, что пользователь может просто изменить расширение для опасного файла, поэтому безопаснее проверить его с помощью mime-типа