измените использование нескольких проектов, как вы сказали "Есть определенный код, предназначенный для определенного клиента", лучше разбить вашу кодовую базу на несколько проектов, если она действительно огромна.
у нас есть 1 миллион + LOC для продукта, и мы используем около 100 Java-проектов для управления ими, что помогает во многих отношениях.например, разные люди владеют разными модулями и разными проектами, меньше конфликтов для контроля версий, разные стратегии выпуска компонентов ...