Да, но ваш результат не будет тем, что вы намереваетесь.
PHP все выполняется до отправки документа клиенту (пользователю). Javascript выполняется после того, как документ был получен клиентом.
Меньше связанных комментариев:
Ваш скрипт уязвим для межсайтового скриптинга (XSS) через POST. Не используйте его на реальном сайте, пока не решите эту проблему.
Один из способов выполнить то, что вы, возможно, намереваетесь сделать, - это заставить вторую часть вашего php-кода визуализировать html-контент внутри div, который скрыт <div id='content' style="display:none">...other content...</div>
. Затем в javascript после завершения затухания используйте javascript, чтобы очистить отображение: ни одного атрибута из div, чтобы он появился.
Удачи!