Eclipse позволяет группировать проекты Eclipse в «рабочие наборы». Похоже, что вы хотите, это «рабочий набор» для V1.0, где каждый модуль - это собственный проект, и «рабочий набор» для вашей текущей разработки, то есть V2.0.
Вы можете одновременно открывать / закрывать все проекты в рабочем наборе и сворачивать рабочий набор в одну запись в проводнике пакетов, чтобы он не загромождал ваше рабочее пространство.
Мне лично нравится, чтобы все было в одном рабочем пространстве, но если вышеописанное не работает для вас, Eclipse может иметь несколько рабочих пространств ... просто установите Eclipse, чтобы спросить, какое рабочее пространство использовать при запуске, и укажите его на рабочем надо работать.