Если в файле file1 или file2 нет повторяющихся значений, вы можете сделать это:
( tr '\0' '\n' < file1; tr '\0' '\n' < file2 ) | sort | uniq -c | egrep -v '^ +1'
Это подсчитает все повторяющиеся значения между двумя файлами.
Если важен порядок полей, вы можете сделать это:
comm -1 -2 <(tr '\0' '\n' < file1) <(tr '\0' '\n' < file2)
Этот подход не переносим, он требует функции «подстановка процесса» в Bash.