Следующий код работает, но мне пришлось это сделать:
Uri uri2 = new Uri("/Resources/DayModeTab2.xaml", UriKind.Relative);
ResourceDictionary resDict2 = Application.LoadComponent(uri2) as ResourceDictionary;
//Make some changes
MobileApp.Get().Resources.MergedDictionaries.Add(resDict2);
А также моя плохая схема именования вызывала конфликты, так как у меня Brush0 в 2 файлах xaml.
<Border x:Name="BorderGlass" BorderThickness="3" CornerRadius="5,5,0,0" >
<Border.Background>
<SolidColorBrush Color="{DynamicResource Color2}" />
</Border.Background>
<Border.BorderBrush>
<LinearGradientBrush EndPoint="0.5,1" StartPoint="0.5,0">
<GradientStop Color="{DynamicResource Brush3}" Offset="0"/>
<GradientStop Color="{DynamicResource Brush4}" Offset="0.401"/>
<GradientStop Color="{DynamicResource Brush5}" Offset="0.254"/>
</LinearGradientBrush>
</Border.BorderBrush>
</Border>