Внутри приложения:
tell application (path to frontmost application as text)
item 2 of (windows whose visible is true)
end tell
Но AFAIK нет способа сделать это, если второе окно находится в другом приложении. (Помимо использования хаков, таких как эмуляция ярлыка, используемого для Переместить фокус в активное или следующее окно .)