Потому что загрузка такого исполняемого файла в память займет больше времени. Кроме того, потому что сейчас 2011 год, и у вас есть файлы и файловая система .
Что касается вашего первого (и основного вопроса), вам не нужно ничего портить. Просто приклейте свои данные к концу исполняемого файла и добавьте окончательное значение «смещения», чтобы сказать, как долго это происходит.
EDIT
Я написал свой исходный ответ в контексте скомпилированного исполняемого файла, например, C . Поскольку вы упомянули Java, afaik, вы можете поместить материал в окончательный JAR и получить к нему программный доступ (поскольку это всего лишь архив.)