Microsoft Crypto API поддерживает возможность взаимодействия с аппаратными устройствами из коробки.Для этого потребуется, чтобы на вашей карте был драйвер, предоставленный производителем.В зависимости от карты и ОС драйвер может быть уже загружен для вас.Следующая статья .NET должна помочь вам по крайней мере начать работу и посмотреть, сможете ли вы использовать некоторые из MSoft API «из коробки».http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms229931.aspx.
Если у вас есть дополнительная информация о типе используемой вами карты, вы можете использовать ПК / SC и конкретные команды APDU, чтобы попросить карту подписать или зашифровать информацию для вас.Обычно для карточных апплетов не разрешается извлекать закрытый ключ сертификатов по соображениям безопасности.
Удачи.Добавьте комментарий, если у вас есть еще вопросы по этому поводу.