Как Эд упоминает, если вы можете изменить свою процедуру:
1) Создать псевдоним для файла (A)
CREATE ALIAS XYZ FOR A
2) Измените процедуру для ссылки на XYZ вместо A.
3) При запуске процедуры использования файла B выполните
DROP ALIAS XYZ;
CREATE ALIAS XYZ FOR B;
CALL PROCEDURE;
DROP ALIAS XYZ;
CREATE ALIAS XYZ FOR A;
Если вы не можете изменить процедуру и не беспокоитесь об одновременном доступе к таблице A, вы можете использовать:
RENAME TABLE A TO C;
CREATE ALIAS A FOR B;
CALL PROCEDURE;
DROP ALIAS A;
RENAME TABLE C TO A;