В вашем случае вы можете использовать решение arunes, используя обратный вызов из анимации. Однако, если вам нужно добавить задержку между анимацией и выполняемым обратным вызовом, вы также можете сделать это, например:
$('.container').fadeIn(function () {
$(this).delay(2000).queue(function () {
alert('Custom function executed two seconds after fadeIn()!');
$(this).dequeue();
});
});