Запрашивается ли пароль для загрузки в .swf, который вы загружаете?
Я бы подумал, что вам нужно изменить свое защитное программное обеспечение, чтобы принимать переменные более автоматизированным способом без диалогового окна. Например, когда он загружается, он может переходить в состояние ожидания, ожидая загрузки загруженного вами приложения для передачи пароля. Или может принять строку параметров.
Если вы это сделаете, ваше приложение Air сможет хранить пароли и просто передавать эти данные в .swf, которое оно загружает. Не уверен, как работает ваша защита паролем, но я думаю, что именно на этом вы бы хотели сосредоточить свои усилия. Чтобы помочь лучше, мне действительно нужно немного больше узнать об особенностях.