Не видя ваш полный запрос и вашу схему, невозможно сделать больше, чем спекулировать.
Но ... Я считаю, что порядок столбцов в многостолбцовом индексе в MySQL важен. Это будет означать, что ваш индекс (код, метка времени), скорее всего, непригоден для упорядочения по метке времени. Если вместо этого вы измените порядок на (отметка времени, код), он, вероятно, будет использоваться для отметки времени ORDER BY, однако может ухудшить производительность для других запросов.
Если для вашего использования требуется индекс для обоих, вам может потребоваться создать второй индекс только для столбца отметки времени.