Вы можете сделать это двумя способами ...
1) Создайте 2 разных шаблона Joomla:
Один, который использует template.css, а другой использует mycss.css, а затем назначает его любым страницам, которые вы хотите.
2) Добавьте этот код, чтобы включить ваш CSS-файл в нужные страницы:
<?php if(JRequest::getCmd('Itemid') == 1 ) {?>
<link rel="stylesheet" href="<?php echo $this->baseurl ?>/templates/<?php echo $this->template ?>/css/mycss.css" type="text/css" />
<?php } ?>
И измените Itemid на Itemid, который вы хотите использовать.
Если вы хотите использовать mycss.css на всех страницах, кроме одной, вы можете изменить код так:
<?php if(JRequest::getCmd('Itemid') != 1 ) {?>
<link rel="stylesheet" href="<?php echo $this->baseurl ?>/templates/<?php echo $this->template ?>/css/mycss.css" type="text/css" />
<?php } ?>
Это сделало бы это.