Вы можете попытаться очистить кэш APC, как системный, так и пользовательский.
Обратите внимание, что есть разница между обычным кешем APC от CLI и записями на основе Web, и из того, что я понял, вы не можете просто вызвать его из CLI, это должно быть из веб-запроса, например:
system('wget --spider --quiet http://localhost/apc/clear_apc_cache.php');
clear_apc_cache.php будет содержать:
apc_clear_cache('user');
Подробнее:
http://php.net/manual/en/function.apc-clear-cache.php
и обратите внимание на параметр типа кэша:
Если cache_type имеет значение «user», пользователь
кеш будет очищен; в противном случае
системный кеш (кэшированные файлы) будет
очищено.