Помните, что вам не нужен идентификатор для таблицы соединений, поэтому обязательно добавьте :id => false |t|
create_table assemblies_parts, :id => false do |t|
t.integer :assembly_id
t.integer :part_id
end
Если вы используете рельсы
rails generate model Assemblies_parts assembly:references part:references
у вас будет два индекса, но вы хотите
# Add table index
add_index :assemblies_parts, [:assembly_id, :part_id], :unique => true
UPDATE