Я использовал частный репозиторий для непубличной работы (unfuddle.com и теперь bitbucket предлагает это).В зависимости от характера работы, вы можете связать с подмодулями.Если работа выполняется в том же репо, вы можете просто взять другой пульт и помнить, какие ветви вы тянете и толкаете.