Вы пользуетесь Ubuntu? вы можете установить eclipse с помощью управления программным обеспечением, то есть Synaptic Package Manager для gnome, kpackagekit для kde.
Использование такого способа установки соответствует наиболее гибкому требованию между программным обеспечением и дистрибутивом Linux, поэтому оно позволяет избежать различных странных проблем, которые трудно устранить.
Возможно, другая современная настольная версия linux также предоставляет такой простой способ установки программного обеспечения. Я не уверен. Испытай свою удачу.