Вы должны иметь возможность использовать функцию names () для получения значений, например:
names(tapply(values,index,mean))
[1] "5" "6" "7" "8"
xnames <- names(tapply(values,index,mean))
Чтобы вы могли построить график без оси X и добавить новые метки данных
plot(tapply(values,index,mean),xaxt="n")
axis(1, at=1:length(xnames), labels=xnames)
Я думаю, что это будет работать правильно.