Решение очень простое. Поскольку A, как я вижу, является пакетом MSI, вы можете просто перейти на страницу обновлений в Advanced Installer для проекта B и использовать кнопку «Создать», чтобы добавить MSI для приложения A.
Это добавит код обновления приложения A в таблицу обновлений из пакета B, поэтому ОС рассмотрит вариант обновления B для A и автоматически удалит его.
Редактировать
Добавить пользовательское действие для запуска чего-то вроде
MSIEXEC.exe / x {21D0F841-65A2-4A42-AA56-D7EF238968DE} / qn
а затем добавьте расширенный поиск (поиск по коду обновления), используйте результат поиска для управления настраиваемым действием. подробности смотрите в комментариях и чате