Объектно-ориентированный путь:
foreach(int id in ids)
{
User user = session.get<User>(id);
user.status = 1;
}
Путь hql:
session
.createQuery("update User set status = :status where id in (:ids)");
.setInt("status", status)
.setParameterList("ids", ids)
.executeUpdate();
От того, что вы делаете во всей транзакции, зависит, какой путь лучше.