Вы можете использовать сборку Microsoft.Web.Administration для получения всех видов информации о вашей настройке IIS. Здесь - ссылка на статью об этом. В вашем случае это будет выглядеть примерно так:
ServerManager manager = new ServerManager();
manager.ApplicationPools[
manager.Sites["yoursite"].Applications["servicePath"].ApplicationPoolName].
Enable32BitAppOnWin64 = true;
Это должно сделать это.