setXMLEncoding
доступно с dom4j
1.6. Я полагаю, вы используете более старую версию.
Во всяком случае, как говорит Javadoc:
Устанавливает кодировку этого документа, как он будет отображаться в XML
декларационная часть документа.
вам следует использовать этот метод, если вы пишете xml.
Я предполагаю, что вы читаете существующий файл, поэтому, если он ISO-8859-1
закодирован и его пролог содержит ту же декларацию кодировки, у вас не должно возникнуть никаких проблем, dom4j
должен сделать все для вас.
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>