Переход по маршруту SQL с автономными приложениями в C не прост. В то время как хранилище базы данных дает преимущества с точки зрения надежности, например, оно добавляет этапы преобразования во время сохранения / загрузки ваших данных, просто используя SQL.
Вопрос в том, зачем вам создавать команды SQL в виде символьных строк для загрузки / сохранения данных, которые в вашей программе обрабатываются как двоичные, и которые вы можете хранить как двоичные непосредственно в локальном хранилище вашей системы? Это стоит!
С другой стороны, если вы уже хорошо знаете SQL, вам нужно будет только изучить (есть несколько) API для доступа к базе данных (SQLite, MySQL ...) из C, чтобы начать.