Я полагаю, вы имели в виду Android API (или SDK, я не могу сказать) и Java API (или SDK).В основном, Android основан на Java.Он является его подмножеством, но также добавляет определенные классы и методы для взаимодействия с оборудованием и ОС Android, реализует пользовательский интерфейс и т. Д.
Информацию об архитектуре Android можно найти здесь: http://developer.android.com/guide/basics/what-is-android.html
Что касается преимуществ / недостатков, хорошо, если вы разрабатываете для операционной системы Android, то это большое преимущество для использования Android API.Если вы разрабатываете для ПК, то часть API Android не будет поддерживаться, что я бы назвал недостатком ...
В итоге вам нужно выбрать, использовать ли API andoidили нет, в зависимости от того, что вы будете кодировать: будет ли API поддерживаться ОС?Для этого есть JVM?