В комментариях вы говорите, что используете performSelectorInBackground: для обновления табличных представлений.Это неправильно, весь код, влияющий на пользовательский интерфейс, должен выполняться в главном потоке.
Кроме того (и я думаю, именно это и является причиной проблемы), вы не должны повторно использовать MOC в разных потоках.Каждый поток должен иметь свой собственный MOC, который может использовать тот же NSPersistentStoreCoordinator.
. Вы должны прочитать Руководство Apple по этой теме .