Поместите координаты списка A в некоторый набор (вероятно, хэш, bst или кучу), и вы сможете быстро увидеть, присутствует ли координата из списка B.
В зависимости от того, ожидаете ли вы, что список будет присутствовать или не будет присутствовать в списке, будет определять, какую базовую структуру данных вы используете.
Хэши хорошо сообщают вам, если в них что-то есть, хотя, в зависимости от того, как это реализовано, могут плохо работать при попытке найти то, чего в нем нет.
bst и heaps одинаково хороши для того, чтобы сообщать вам, есть ли в них что-то или нет, но не работают теоретически так же хорошо, как хэши, когда в них что-то есть.