На странице, на которую вы ссылаетесь, указано, что плагин Flowplayer Content можно использовать для «размещения текста, изображений, ссылок и даже SWF-файлов над или рядом с видеоэкраном», что для меня звучит так: Да, вы можете сделать кликабельный баннерОбъявления.
Кроме того, Flowplayer поддерживает множество рекламных сервисов, включая AdSense, Doubleclick и Open Video Ads.